综合管理部负责党建、行政、人事、信访、档案、合同、工会、团支部等工作；

财务部负责编制财务预算、会计报表、成本和销售核算、工资发放、所得税计算、存货盘点、合同付款等工作；

保障部负责集团内原渔业公司和劳服公司非在岗职工、以及原渔业公司、劳服公司、上海远洋渔业有限公司退休职工的管理。

安保部负责安保计划编制落实、安保检查、事故处置等工作；负责物业租赁和管理、招待所管理、码头管理等工作。

水产物资公司为下属生产经营单位，生产经营以油罐租赁和油品仓储中转为主。